Авіакомпанія "Якутія" займає лідируючі позиції на авіаційному ринку Якутії, одночасно є одним з лідерів за кількістю перевезених пасажирів всередині Россії. Утворена на базі авіакомпаній «Саха Авіа» і «Якутські авіалінії» у 2002 році. У 2006 році авіакомпанія "Якутія" першою в Росії розпочала експлуатацію регіонального літака Ан-140. У 2007 р. поповнилася літаками Boeing 757-200.

У 2009 році літаковий парк авіакомпанії поповнився першим літаком Boeing 737-700. Уже в 2010 році ВАТ "Авіакомпанія" Якутія "отримала четвертий регіональний літак Ан-140.

14 липня 2010 в аеропорту Краснодара відбулася презентація літака Ан-140 авіакомпанії "Якутія" та його перший політ за новим маршрутом Краснодар-Сочі-Краснодар. Технічне обслуговування літака буде здійснювати завод «Авіакор», який власне і зробив цей літак. Три інших літака Ан-140 авіакомпанії виконують рейси до 25 аеропортів Республіки Саха (Якутія), а також до Хабаровська, Благовєщенськ, Іркутськ, Улан-Уде, Магадан, Анадир, Харбін.

Наразі авіакомпанія експлуатує 27 літаків, з них Ан-140-100 (4 шт.), Ан-24 (4 шт.), Один Ан-26, Boeing 757-200 (5шт.), по одному Boeing 737-700NG і Boeing 737-800NG, Ту-154М (5 шт.). Очікується надходження Boeing 757-200F, Boeing 737-700NG, Boeing 737-800NG.

Здійснює внутрішні рейси по Росії, регулярні міжнародні рейси в Китай, Таджикистан і Південну Корею - з Іркутська і Якутська, а також чартерні рейси в Європу - з Москви, в Таїланд - з Якутська і Благовєщенська.