Як ми пригадували в статтях "Літак Іл-12 - історія експлуатації" та "Літак Іл-12 - конструкція", літак весь час доопрацьовувався та модернізувався. В результаті виникли наступні його модифікації:

1. Літак Іл-12 (перший варіант) - високоплан і з двигунами АЧ-31. Про причини зміни такої конфігурації читайте в статті "Літак Іл-12 - вибір компановки".

2. Літак Іл-12-6 - спецпризначення. Було передбачено двоє вхідних дверей. Пасажирська кабіна розділена на декілька кают - передня для охорони та персоналу, наступна - з двома спальними або чотирьма сидячими місцями, потім - зі шкіряним диваном, столиком та м'ягким кріслом, далі - безпосередньо розкішна каюта першої особи. Було виготовлено чотири літака даної модифікації.

3. Літак Іл-12-11 - для VIP-персон. За рахунок збільшення кількості пального тазменшення кількості пасажирів мав збільшену дальність польоту. Було побудовано 10 машин даної модифікації.

4. Літак Іл-12-16 - підвищеного комфорту, розрахований на 16 пасажирів, кожне нижнє крісло легко перетворювалось в диван, зверху було відкідне ліжко.

5. Літак Іл-12-32 - розрахований на 32 пасажира та 600 кг багажу. Використовувався для перельотів на малу відстань.

6. Літак Іл-12 Б - на ньому розпочали використовуватись форкіль, додатковий руль повороту з сервокомпенсатором, також новинкою було використання системи протиобледеніння конструкції ОКБ "Ільюшина". Про принцип її роботи читайте в статті "Літак Іл-12 - конструкція".

7. Літак Іл-12 Т - транспортний варіант, пасажирська кабіна була переобладнана в вантажну (див. статтю "Літак Іл-12 - історія експлуатації"). Міг перевозити до 3000 кг.

8. Літак Іл-12 Д - десантно-транспортний варіант. Перероблений із Іл-12 Т, вхідні двері по правому борту були збільшені, в районі центорплана були передбачені люки для скидання вантажу, під центропланом до літака кріпились три балочні тримачі для перевезення великогабаритного вантажу або бомб. В верхній частині фюзеляжа був встановлений кулемет ШКАС або УБТ, біля робочого місця штурмана скло замінили на блістер для бомбардувального прицілу. Літак можна було легко переобладнати в один із чотирьох варіантів - транспортний, десантний, санітарний (евакуювати одночасно до 28 хворих на ношах) та буксирувальний (для буксирування планерів Як-14, Ц-25).

Один літак Іл-12 використовувався як літаюча лабораторія для відпрацювання нової системи протиобледеніння, один літак - як літаюча лабораторія в метеорологічних цілях, два літака для ведення аерофотозйомки, один - для аероелектромагнітної зйомки.